ChIP-Seq
技術(shù)簡(jiǎn)介
染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序 (Chromatin immunoprecipitation sequencing，ChIP-Seq) ，是在全基因組范圍內(nèi)尋找與目的蛋白特異結(jié)合的DNA位點(diǎn)、組蛋白修飾位點(diǎn)和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)等，為全面解析基因調(diào)控、蛋白質(zhì)與DNA互作提供了有效的技術(shù)手段。
技術(shù)路線 |
送樣建議
| 濃度 （Qubit） | 體積 | 總量 | 基因組完整性 |
| ≥5 ng/μL | ≥4 μL | ≥20 ng | 100~500bp，主帶明顯 |
技術(shù)參數(shù)
測(cè)序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 | |
ChIP-Seq | HiSeq/NovaSeq, PE150 HiSeq2500, SE50 | 3~6G data 10~20M data | 60個(gè)自然日 |
案例分析
GATA蛋白家族在細(xì)胞重編程過程中的作用機(jī)制研究
研究背景
譜系分化轉(zhuǎn)錄因子 (GATA家族) 可以代替多能因子 (Oct4) 來完成細(xì)胞重編程過程，但其具體作用機(jī)制仍不清楚。
研究目的
研究人員通過對(duì)小鼠細(xì)胞進(jìn)行RNA-Seq和 ChIP-Seq 研究和組合分析，揭示GATA家族在動(dòng)物細(xì)胞重編程過程中的關(guān)鍵作用。
研究結(jié)果
所有的6類GATA轉(zhuǎn)錄因子（GATA1~6），是C端（羧基端）具有保守的DNA結(jié)合域的鋅指蛋白，在細(xì)胞重編程過程中均可以直接結(jié)合并激活 Sall4 基因的多能性。進(jìn)一步證實(shí)了GATA 家族在細(xì)胞重編程過程中的重要作用機(jī)制。
Sall4 在GATA 家族誘導(dǎo)細(xì)胞重編程過程中起重要橋梁作用
參考文獻(xiàn)
[1]. Shu, J. et al. GATA family members as inducers for cellular reprogramming to pluripotency. Cell Res, 2015, 25:169-180, doi:10.1038/cr.2015.6.
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