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人目標(biāo)區(qū)域測(cè)序

技術(shù)簡(jiǎn)介

目標(biāo)區(qū)域測(cè)序是利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)目標(biāo)基因進(jìn)行測(cè)序。對(duì)大量樣本進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域研究，可以發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證疾病相關(guān)候選基因或相關(guān)位點(diǎn)，在臨床診斷、用藥指導(dǎo)和藥物開發(fā)方面有著巨大的應(yīng)用潛力。

技術(shù)路線

送樣建議

技術(shù)參數(shù)

案例分析

全新的ctDNA檢測(cè)技術(shù)：癌癥個(gè)體化深度測(cè)序分析方法（CAPP-Seq）^[1]

研究背景            

癌癥個(gè)體化深度測(cè)序分析方法 (CAPP-Seq)，對(duì)非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC )的 ctDNA 檢測(cè)結(jié)果靈敏度高，特異性強(qiáng)且經(jīng)濟(jì)可行。

研究目的

利用定制化的 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library 作為"篩選器" (selector) 對(duì)樣本進(jìn)行靶向捕獲后再進(jìn)行深度測(cè)序。

研究結(jié)果

研究者從腫瘤基因突變數(shù)據(jù)庫(kù) (COSMIC) 等來源找出與 NSCLC 復(fù)發(fā)突變相關(guān)的外顯子，再對(duì)來自腫瘤基因圖譜 (The Cancer Genome Atlas) 數(shù)據(jù)庫(kù)的 407 位 NSCLC 患者全基因組測(cè)序結(jié)果進(jìn)行篩選，并應(yīng)用迭代算法使篩選出的區(qū)域在充分覆蓋每個(gè)樣本的錯(cuò)義突變的同時(shí)盡可能的精簡(jiǎn)。羅氏 NimbleGen 根據(jù)以上區(qū)域定制了 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library  靶向序列捕獲產(chǎn)品作為本次 CAPP-Seq 的"篩選器"，包含了 139 個(gè)相關(guān)基因的 521 個(gè)外顯子和 13 個(gè)內(nèi)含子，共約 125kb。 NimbleGen "篩選器"有效的把測(cè)序區(qū)段濃縮到整個(gè)基因組大小的 0.004%， 使得后續(xù)超高深度測(cè)序得以實(shí)現(xiàn)。

圖1. CAPP-Seq 靈敏性和特異性分析

參考文獻(xiàn)

[1]. Aaron M. Newman1, Scott V. Bratman1, Jacqueline To,etc. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med,(2014).