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細(xì)菌基因組重測(cè)序
技術(shù)簡(jiǎn)介
細(xì)菌基因組重測(cè)序是對(duì)已有參考基因組信息的細(xì)菌進(jìn)行基因組水平的再測(cè)序，并對(duì)個(gè)體或者群體樣品進(jìn)行生物信息學(xué)分析，能夠分析近源菌種之間的單核苷酸多態(tài)性 (SNPs) 、插入 (Insertion) 、缺失 (Deletion) 、拷貝數(shù)變異 (CNV)等基因組水平變異類(lèi)型，為篩選菌株的優(yōu)良性狀，菌株抗藥性等研究提供指導(dǎo)與依據(jù)。
技術(shù)路線(xiàn)
送樣建議
| 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 基因組完整性 |
| ≥50 ng/μL | ≥30 μL | ≥20 μg | DNA 無(wú)降解 |
技術(shù)參數(shù)
| 細(xì)菌重測(cè)序 | 測(cè)序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 |
300bp 小片段文庫(kù)HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 45個(gè)自然日 |
案例分析
細(xì)菌全基因組重測(cè)序闡述引起大腸桿菌自發(fā)突變的因制[1]
研究背景
完全了解一個(gè)進(jìn)化過(guò)程需要自發(fā)突變率，光譜識(shí)別以及物種特征三個(gè)因素。根據(jù)累積突變可以計(jì)算出每一代基因組的突變率。
研究目的
通過(guò)全基因組重測(cè)序技術(shù)研究進(jìn)化過(guò)程中自發(fā)突變效應(yīng)影響。
研究結(jié)果
在三株大不相同的不同僅僅達(dá)到 50%，這也就說(shuō)明了每一代基因組中的突變率是 1–2×10?3 。四個(gè)因素決定了自發(fā)突變的發(fā)生：自身 DNA 聚合酶缺陷，內(nèi)源性誘導(dǎo) DNA 損傷，外源性藥物誘導(dǎo) DNA 損傷，易錯(cuò)聚合酶激活
圖1. DNA修復(fù)缺陷的大腸桿菌堿基替換率
參考文獻(xiàn)
[1]Foster, P. L., Lee, H., Popodi, E., Townes, J. P. & Tang, H. Determinants of spontaneous mutation in the bacterium Escherichia coli as revealed by whole-genome sequencing. Proc Natl Acad Sci U S A 112, E5990-5999, doi:10.1073/pnas.1512136112 (2015).
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