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原核鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測序

技術(shù)簡介

原核鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測序是對原核 Total RNA 去 rRNA 后進(jìn)行文庫制備，采用高通量測序進(jìn)行信息分析，可以確定轉(zhuǎn)錄本的邊界以及一條轉(zhuǎn)錄本是來自正義鏈還是反義鏈，能更精確地統(tǒng)計轉(zhuǎn)錄本的數(shù)量，同時可以挖掘 non-coding RNA 的信息，這為研究基因的結(jié)構(gòu)和表達(dá)調(diào)控功能提供了一個重要的手段，主要應(yīng)用于功能基因的篩選、分子標(biāo)記和藥物靶點的篩選鑒定、藥理與毒理學(xué)研究、生物代謝調(diào)控研究、疾病分型研究、siRNA 調(diào)控研究。

技術(shù)路線

送樣建議

技術(shù)參數(shù)

案例分析

轉(zhuǎn)錄組測序和萜類化合物檢測結(jié)果揭示了桉樹的害蟲防御機制^[1]

研究背景            

Xanthomonas campestris 能夠感染十字花科的植物，引起黑腐病、葉枯病以及葉斑病等。

研究目的

通過基因組測序和轉(zhuǎn)錄組測序研究其致病分子機理。

研究結(jié)果

增加菌株基因組的測序深度，比較基因組顯示在種水平上存在一個核心的 ORFeome，這核心的 type III effectome 僅僅限于三種type III的效應(yīng)因子 (XopP、XopF1和XopAL1) 。在 Xanthomonas 中，效應(yīng)蛋白由III型分泌系統(tǒng)注入植物細(xì)胞，有助于共同致病；為了進(jìn)一步注釋基因組進(jìn)行了鏈特異性 RNA 測序，這種方法還允許新的基因和非編碼 RNA 的轉(zhuǎn)錄實驗的定義。

圖1. 野油菜黃單胞菌屬III型蛋白的多樣性分析

參考文獻(xiàn)

[1]. Roux, B. et al.. Genomics and transcriptomics of Xanthomonas campestris species challenge the concept of core type III effectome. BMC Genomics 16, 975, doi:10.1186/s12864-015-2190-0 (2015).